論文を投稿した

論文を投稿してやったぜ。

2021年も今日で3分の1が終了。でも、2021年の論文がまだ1本しかない(=昨年アクセプトされたもの)。あかんやろ・・・。

ということで、色々と論文を書いてたりしているのだが、漸く1本投稿まで漕ぎつけた。やっほー。
でも、ほんまはもっと決定的な実験データを加えて投稿したかったのだが、それを取るのに3カ月くらいはかかる。ファーストオーサーと相談してまずはこれまでの内容で勝負することにした。時間的制約もあるので。○○に必要な論文なので。データの方は論文がレビューに回っている間に取得することにし、リバイズで使えたら使う、リジェクトされたらデータを追加して再チャレンジする、という戦略で進めることにした。
決定的な実験データがない状態なので内容的にちょっと厳しいかな、と思ったのだが、当初の予定通りの雑誌に投稿した。一か月くらいでレビューから戻ってくると思うが、「なんとかリバイズでお願い♪」って気持ちを込めて最終ボタンを押したのであった。否、正直なところ、「editor's kick だけは勘弁!」と思いながらボタンを押した。

さて、どうなるでしょうかね。一旦、この論文のことは忘れて、次、次。

2本の論文を英文校閲に出したよ

2本の論文を英文校閲に送り出したよっと。

ここ最近は3本の論文を書き書きしていたのだが1本審査から戻ってきたので、リバイズに集中するために2本の論文を英文校閲に送り出したのである。いずれの論文も自分的には「もういいやろ。これ以上は英文の好みだな(=大幅に改良できるボキャブラリーがない・・・)」というレベルまで達していたので、そろそろ英文校閲に出せるレベルではあったのである。ちょうどゴールデンウィークで区切りも良いしね。英文校閲から戻ってくるのはゴールデンウィーク明けなので、フレッシュな気分で英文校閲済みの論文を書き直せるかなっと。

最近論文書きの腕が上がったような気がする。初稿から数えると ver. 3 くらいで英文校閲に出せるレベルになっている。ちょっと前まではイントロとディスカッションに齟齬があったりして、結構書き直してたりするが、最近書いた論文はイントロで出したクエスチョンをディスカッションできっちり議論できている。やっぱ、腕が上がった???最近論文を実際に書き出す前にやっていることと言えば、一人ブレインストーミングだな。著者、読者、査読者になって手持ちのデータで一番訴求性の高いストーリーを模索する。これをきっちりやることで、論文を書く前から論文全体の構成が頭に練り上がっているってやつだな。ここまで辿り着くのに20年以上掛かっているがな。もっとも、もっと上のレベルの雑誌になると経験が足りずそう簡単にはいかないだろうけどね。

オフィスでぼぉ~~~っとしているわけじゃないのよ。


Reject with Encouragement to Resubmit つづき

Reject with Encouragement to Resubmit された論文の続きの話。

ファーストオーサーと話をしてリバイズしてから再投稿することに。reviewers 3名から27個のコメントがあったので、ひとつずつつぶしていく作業をこれから始める予定。どうしても避けられない追加実験をひとつすることに。その他はすべて writing で対応することができそうである。もっとも追加実験が Key なので、その結果次第では・・・。

論文書きは審査結果が戻って来てからが本当の勝負開始である。原稿を書いて投稿することはただの必要条件。書かなければ論文投稿ができないだけ。自分レベルだとリバイズは必須なので、投稿までは淡々と且つスピーディーにこなして、審査結果が戻って来てから全力投球。ストレートも、カーブも、変則的なフォークを投げてでも reviewers との defense に勝つためにはすべての技術を使う。時には助っ人外国人も呼ぶ。

今回はストレート勝負で再投稿してみましょうかね。ゴールデンウィーク明けには再投稿できるでしょう。

Reject with Encouragement to Resubmit

おいおい、嘘やろ???結構自信はあったんだけどなぁ。

ということで、投稿していた論文が査読から返ってきたわけで、審査結果は「Reject with Encouragement to Resubmit」。reject でなくて良かったと思うしかなわな。うん、そうしよう。きちんと対応すれば掲載してくれるって言うんだからさ。

今回、3名のReviewerからコメントをもらった。通常は2名なので、審査結果が割れたことがうかがえる。実際、正反対だもんな、#1 と #2 は。で、#3 に急遽頼んで、うーーん、微妙だなぁ・・・、reject と判断しているreviewer も居るし・・・、よし、Reject with Encouragement to Resubmit にしようって感じで editor が判断したんでしょうかね。実際、based upon my own independent assessment で判断したと書いてあるしね。reject の審査結果がひとつでもあれば「即 reject」の editor も居るので、良い editor に巡り合えた幸運を感謝しよう。

ということで、ファーストオーサーと打ち合わせをして対応策を練りましょうかね。基本は、Resubmit 。reviewers の厳しいコメントにどうしても対応できない場合も対応できない理由を書いて Resubmit かな。

やるべ。

ゲノム情報の登録 その後のその後

これでいいんちゃう!?って思ったが・・・。

前回のブログで書いたゲノム情報の登録。またまたダメでした。要するに、

「MSSの登録フォーマットとは異なる内容でございます」

ってことのようで・・・。
一所懸命やったんだけどなぁ。でも、今回はしっかりアドバイスも頂いたので、次こそはフィニッシュできると思うぞ。なんとなく先は見えてきたわ。これが終わらないと論文も投稿できへんしな。さっさとやるべ。

自分の知識&勉強不足ってことなんだよねなぁ、ちょっと読みたい微生物ゲノムもあるので、少しここら辺の用語を勉強しておこうかね。

始動する時間が早くなってきた

始動する時間が日に日に早くなってきた。

今日なんかは6時20分にオフィス入り。やる気満々、というよりは朝早く起こされるのである、うちの犬達に。

2頭とも日の出とともに寝室の扉の前にやってくる。冬は良かったのだが、日に日に太陽が昇る時間が早くなる今日この頃。最近、5時半には活動し始めている、犬達である。吠えたり、鳴いたりするわけではないが、ちょっとした音(爪が床に当たる音とか)を立てながら扉の前で伏せをしている。要するに、散歩に連れて行かんかい!と無言の圧力をかけているのである。で、自分とかみさん(特に自分は)は屈服して起きるのである。夏になるとアスファルトが熱くなる前に散歩に出ないといけないので、秋ごろまでは日に日に早起きになるのである。平日はかみさんが散歩に連れて行ってくれるため、自分は準備をしたら大学に行くのである。で、今は6時半にはオフィスに居るのである。

まぁ、早起きは三文の徳っていうからな。朝から論文を書くと気持ち良いよ、うん。

2限目に伺います

「2限目に伺います」と言われたら・・・

自分は、「2限目が始まる時間に来る」と思ってしまうが、人によっては「2限目のいずれの時に来る」と思うのですかね?ちなみに1限は90分。90分間いつ来るのかオフィスでおとなしく待ってろってことかいな。今回は2限目が終わる頃に来たわ・・・。

自分は時間に厳しい人の部類なので、10分前行動を基本としている。特に他人の時間を割いてもらう時はその兆候が顕著である。人とアポイントを取るときは「14時に伺います」とか、時間が少し前後しそうなときは「14時半までには伺います」とか「14時~14時半のうちに伺えると思います」と連絡を入れる。これが普通だと思っているし、交通機関の状況で遅れそうなときは必ず連絡を入れる。

しかし、そうではない人も居る訳で。今回それに遭遇したってことだ。自分の常識を押し付けるつもりはないが、時間を割いてもらうってことを少しは考えて欲しいな。まぁ、昭和の人の価値観、固定観念と言われればそれだけであるが。平成、令和の常識は知らん!!!

「○○時間」って言って、時間に遅れることを正当化する文化は信じられへんオッサンの戯言です。。

ゲノム情報の登録 その後

えぇっと、まだ登録できてませんよっと。

苦戦中である。苦戦中。というか凡ミス。
全ゲノムの生データは登録できたんだけど、accession no. をもらうための作業をやってなかったのよね。忘れてた、というか、生データの登録で accession no. も貰えると思っていた。そんな訳ないわな、冷静に考えれば。で、論文を書いていて、「あれ?raw data だけじゃあアカンちゃうん。肝心の accession no. がないと!!!えぇぇえ??おぉぉぉ!」ってなったわけだ。

で、色々と調べに調べて登録してみたのだが・・・。これで良いのか???である。おじちゃんには専門用語がようわからへんわ。これで良しやろ、と思っているが、何も先方から連絡が入らないしね。「データ、受け取りました!キメっ!」くらいの連絡をよこして頂戴よ、ほんま 。Q & A には5日程度で登録完了って書いてあったので、それまではじっと我慢だな。

まな板の上の鯉・・・

ということで、accession no. は5日間の間にもらえるものと信じて5日以内に論文を書き終えてやるべ。変なモチベーションだが、論文書きが進めばそれで良し!

今日からレギュラーの講義が始まるべ

今日からレギュラーの講義が始まりますよっと。

レギュラーの講義なので、ひとりで全15回を担当。先は長いな・・・。

受講者は39名(現時点で。履修申告の修正で増減アリ)なので、収容人数100名越えの教室で対面で講義をすることにした。昨年度はオンデマンドで講義を行ったので、その資料をそのまま使えば楽なんだけどね。やっぱり肌感で講義をしたいわけ。

でも、どうやろ。月曜日1限(9時~)という時間割の中では一番学生に嫌われる「コマ」なので、オンデマンドの方が受講生には好まれたりして・・・。いやいや、9時開始だし。社会に出たら9時始業なんて珍しいし。そんな無理ゲーではないでしょ。20歳を超えた学部3年生だしな。自分を律することもし始めないとな。

ということで、月曜日1コマは対面講義!

「科学研究費助成事業の公募&内定時期の前倒し」だってさ

担当事務から令和4(2022)年度の科学研究費助成事業の公募、内定時期が前倒しになると連絡あり。

下記、まとめたもの

科研費スケジュール変更.jpg

でも、なんだ。早くなっても結局は4月1日から研究費が使用可でしょ。今と何ら変わらへんけどな。内定から4月1日まで一か月あるので事務手続きが余裕を持ってできるくらいかな。科研費落ちたから別の競争的資金に申請しましょ、って奴は居らへんでしょ。そんな予算の取り方だとラボが崩壊するわ。

ほんまは年2回申請できるとか、単年100万円~200万円くらいの科目を作るとかやって欲しいんだけどねぇ~~~。短期(1~2年)・中期(3~5年)・長期(5~10年)っての欲しいのよね。研究費は少なくても良いからさ。

エイプリルフールのお祭り騒ぎが、一カ月早く2月末になるってことだけだな。基盤や若手の発表が2月28日なら、新制度で初めて迎える閏年は、「28日か、29日かどっちやねん!」っていう別のお祭り騒ぎになりそうだな。

自分は今年度も代表で申請することはないと思うので、どれくらい変化があるのか高みの見物だな。で、来年、出撃!

色んなところからデータが飛んでくる

色んなところからデータが飛んできてあたふたしている。

それもこれも論文を3つ掛け持ちで進行しているから。この3つで持ちネタはもうないはず。多分。
こんな流れ↓↓↓

3つともすべて最終データ&追加データが必要と判断

ファーストオーサーに実験追加をお願いする

なぜか同時にデータが送られてくる ← 今、ここ

ということで、生データを確認して図表を作っていく作業で天手古舞しているのであった。でも、まぁ、幸せな時間でもあるな、論文書きが忙しいってことは。

そう言えば、この間投稿した2本の論文はどんな感じやろ?

・ Awaiting Reviewer Scores ← reviewers の審査結果待ちね

・ With Editor ← おいおい!!!

まぁ、なるようにしかならん。

2021年度初講義

山梨大学では昨日から2021年度前期授業開始が開始ですね。

昨日はさっそく一般教養「ワインと宝石」の担当です。この講義は13名の教員によるオムニパス形式の講義。その一発目をなぜか自分が毎年担当している。講義内容は以下↓↓

シラバスより抜粋
<授業の目的>
山梨県の地場産業であるワイン製造や宝飾産業に関連した授業科目として、本授業では、ブドウ栽培、ワインの製法、微生物およびブドウとワインの科学、ワインと味覚など、ついで宝石の結晶材料への変貌を辿りつつさまざまな日常生活に関わりの深い無機材料について学び、山梨の県内産業の特徴について学習する。

今年から「ワインと宝石」は連携開設科目として「山梨県立大学」の学生も受講しているため、選択はオンデマンド配信での講義、一択ですね。コロナ禍により昨年度初めてオンデマンド配信で講義をしたときにうちの学生でも「講義ビデオが見れません!」という学生が一定数いた。県立大の学生は山梨大学の Moodle を使うのは初めてやから大丈夫やろか?という心配はあった。でも、トラブルもなく講義は終了したので(小さいトラブルはあったものの)、来年度以降もこの講義は「山梨県立大学」との連携開設科目としてオンデマンド配信で進められていくのでしょう。

コロナ禍が落ち着いて対面講義が完全復活しても、これまでに培ったオンライン講義のスキルを適材適所で有効活用するのは良いことだと思うのであった。
でも、対面講義が好きだけどね。
自分の講義は対面で。



腰をやってしまった・・・

痛いよぉ~~

腰をやってしまったべ。ぎっくり腰ってやつですかね。それもくしゃみをしただけで、グキッてさ。



どんだけ爺やねん。

でも、これって腰の悪い人はよくあることなんじゃないか?と思いネットで調べてみた。

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くしゃみをして急激に腹圧がかかると、同時に腰にも同じように腹圧がかかり衝撃を受けることになります。 そのため、元々腰が弱い人や腰に持病がある人はくしゃみをすると、急激に高まった腹圧で腰に大きな負担がかかりギックリ腰になってしまということです。

出典:https://tential.jp/journals/waist/backache/035
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同じような記事がネットにたくさん落ちているので、「腰が弱い人がくしゃみをするとぎっくり腰になる」ってのはあるあるなんですな。
自分は腰痛持ちだし、過去にぎっくり腰になったこともあるしな。腰弱男ってやつだわ。これからはくしゃみをするときは腰に気を付けようっと。

ということで、しばらくは腰にコルセットを巻くことにする。決してお腹周りが太ったわけではないので悪しからず。

論文用のイラスト書き

明日から講義が始まるので(初っ端、オムニパスの講義あり)、準備をしないといけないのだけどね。

講義準備をしないといけないのだけど、今、論文用のイラスト書きに夢中になっている。ちょっと特殊な実験(処理)をしているので、その方法が誰にでもわかるようにしたいのである。写真を撮って図版を作ってみたのだけど、図としてのサイズの問題、色の問題があって見難いのよねぇ。実際に実験をしている自分たちは分かるけれど、作った図版を見ただけではちょっとイメージがつかみにくい。

で、イラストで勝負することに。アドビのillustratorで華麗なイラストをサラサラッと・・・って訳ではなく、パワポで、マウスで。そこまで複雑なものではないのでパワポでいけるでしょ、と判断。まずは、カレンダーの裏に絵を書いてマウスで描き描き。



結構楽しくて時間をめっちゃ使ってしまったわ。でも、納得のいくものができたのでOKとしよう。

今日は講義の準備をしないとな、さすがに。

研究用機器の貸し借り

最近、研究機器を貸し借りしている。

それも機器を持っているラボに行って測定させてもらうのではなく、機器を自分のラボに借りてくる&依頼のあったラボに貸渡すのである。この間返却した機器は3カ月ほどラボに移設させてもらい、その間バンバンデータを取得した。非常に助かった。今回はしばらく使用していない機器を貸し出す予定。使用していない(≒しばらく使用する予定がない)機器だからできること&ワイン研は本学と離れているからね。一か月なら一カ月、機器を持って行ってもらった方がお互い気を遣わず楽だからね。

研究には旬があるので、イケイケで購入したが旬が過ぎた今は使用しなくなった機器ってどこのラボにもひとつは転がっていると思うのよ。うちなんかにも結構あったりする。今回貸し出す機器も200万くらいしたと思うが、思ったよりも使用せず、ここ数年は稼働させてないのよね。そういう機器を有効利用するシステムが大学にあれば良いんだけどね。いっそ、大学専門の中古機器仲介業務でも立ち上げたろか!?

ということで、埃を被った機器の掃除を行うことにしよう。

ゲノム情報の登録

ゲノム情報をデータベースに登録するのに四苦八苦。

前に甲州ブドウの全ゲノムを解読したときは共同研究者にすべてお任せしていたデータベースへの登録。今回、ラボで新たに読んだ全ゲノムをデータベースに登録するべき、DDBJ D-way にアクセス。で、登録を開始するものの・・・





登録の流れのイメージが全く湧かん!!!

BioSample に、BioProjectに・・・それが終わったらシークエンス・データの登録かぁ。うーーん。DDBJのヘルプやネット上の情報をもとに果敢にチャレンジしたが、なかなか前に進まない。なんか情報が古いのか、少し違うのよね。ボタンも違うし、転送システムもちゃうし、うまくファイルがアップロードできないし。
こうなったら直接入力してやる!ってことで、ファイルから必要な情報を抜き取りそれを入力しながらなんとか前に進んだが、data_validating で何度かエラーを喰らう。めげそう・・・

しかし苦労のかいがあって、エラー・ログを見ながら何とか登録はできたようである。
オートマチックに送られてきた、


Data files of XXXXXXX have been successfully validated.
We start to review your submission.

を見てやり遂げた感満載。

DDBJのチェック、滞りなく終わりますように・・・。

コピーロボットが欲しい

コピーロボットが欲しい・・・。

パーマンのあれな。

時間との闘いになった時、どれを捨てるのか悩ましい時もある。可能であれば全部手を付けたい。でも、中途半端では・・・。爺だから踏ん張る体力もないし。
現在ぶち当たってるのは「研究費の申請(今月末締め切り)」と「論文書き(学位関係)」。優先するのは「論文書き(学位関係)」。これは間違いない。でも、「研究費の申請(今月末締め切り)」を行うつもりで色々と書く内容を練っていたので、申請書を書きたい気持ちが強い。でも、現状を考えると満足した申請書を書けるとは思えない。

研究費の申請書を書く理由を考えてみる。

・研究費が欲しい→今年度&来年度と逼迫しているわけではない
・研究プロジェクトのアイデアを評価して欲しい→論文を書けばいじゃん
・大学への貢献→これは大きいポイント。だが、他からお金を取ってくればOK

そうだな。研究費書きは捨てることとしよう。次のチャンスもあるでしょ。無理してまで追う必要はないので。二兎を追って一兎も得ず(研究費は房拓、論文はリジェクト・・・)、は嫌なので、ここは論文書きに集中して確実にアクセプトを狙うのが正解だな。。

凡人には的確な取捨選択が必要だと思う今日この頃。

科研費採否発表日を勘違い

科研費採否の発表日は一律に4月1日発表ではなかったね。すっかり勘違い。

分担した科研費の申請があったのだが、4月1日に発表されるものと勘違いしていたのだ。
4月1日当日は一日中代表の先生から連絡が入るのを待っていたが、連絡はなし。アカンかったのかなぁ・・・と思っていたが、2日、3日と連絡が来ず。さすがにこれはオカシイと思いつつ、自分が勘違いしていることにまだ気づいていなかった。

自分の勘違いを気付いたのはほんま偶然。先週末に犬と散歩をしていたら、偶然ばったりとその先生と出会ったのだ。で、もちろん立ち話をするのだが、そこで科研費の話が出た。代表の先生は「基盤(B)が通りましたよ」という話をする。「さすがですね」と会話をしつつ、「いやいや、それは自分がメンバーに入っていないのでどうでも良いのよ。メンバーだった申請の採否が聞きたいのよ」と思っていた。でも、最後までその話は出ずに別れることに。

うん???何かおかしい???と漸く気が付いた。で、科研費のウェブサイトで確認した。分担で申請したものは7月に結果発表だった!!!あかん、基盤以外のスケジュールを完璧に忘れ取ったわ。1日に代表の先生に聞かんで良かったわ。オオボケかますところだったわ。
しかし、まぁ、分担者にも審査結果が分かるシステムにしてくれないもんかね。代表の先生からの連絡待ちという、いつ連絡が入るのか待ってるのも疲れるのよ。なかなか「採択されましたか???」って代表の先生に聞きづらいしね。

ということで、7月まで科研費採否のドキドキ感継続中。


研究費申請書を書いてみた

久しぶりに研究費申請書を書いていみた。

科研費や財団物の継続があり、企業さんとの共同研究もあるので、ここ最近自分自身で研究費の申請書を書くことをやっていなかった。これではアカン!ということで、まずは1本書いてみることにした。

と言っても、学内の競争的研究費だけど・・・リハビリってことで・・・。

しかし、日本語も常に書かないとアカンね。「てにをは」がバラバラなんだもん、書いてみたら。論文で使う英語なんかは「主語+述語+~」って順番が頭の中に基本あるから的確な単語を選んで書いていけばよいけど、日本語は順番が違っても意味が通じちゃうんだよね。長文になりがちだし。母国語だからか、言葉(単語)の順番を無視して書き進めることが出来てしまうのよ。で、書いた文章を読み返してみると「汚い」んだよ、文章が。述語の傍に目的語を置けよってなるのよ。なんで先頭に目的語があるねん(××を----に~~して処理した、みたいな感じ)!ってやつ。ほんま、日本語を綺麗に書くのは難しいわ。多分、自分には一生できないんだろな。せめて誰もが読みやすい文章を書けるようにしたいわ。

4月末に国の競争的研究費の申請締め切り(学内締め切りね)があるので、こちらが本番かな。


4月1日と言えば・・・

4月1日と言えば・・・

科研費の採否発表の日ですな。昨年秋に申請をした先生方におかれましては、今現在ドキドキしておられていることと思います。一度でも良いから科研費なんかなくてもじゅう~~~~ぶん研究費を持ってるべ、と言ってみたい。でも、まぁ、そういう状況でも大学における科研費の採択数は大学自体の業績評価に関与するので科研費申請をしないってことはないんですけどね。間接経費を取ってくることが教員の義務のひとつですからね。

さて、自分は代表で継続物があるため代表での申請はしていません。分担がひとつ。代表の先生から結果を聞くだけなので、ドキドキ感はすくないですね。e-rad を見に行くドキドキ感が欲しい!!!
ラボのE先生も代表で持っているので今年はラボでドキドキすることはないですね。

4月1日の風物詩。

10時を待て!